Polska kancelaria królewska epoki Jagiellonów i Wazów, a więc dynastii panujących w Polsce późnego średniowiecza i wczesnej nowożytności, w okresie jej żywych kontaktów z księstwami pomorskimi, którymi władali Gryfici, podlegała długotrwałemu i powolnemu procesowi kształtowania się nowoczesnego urzędu. Nieustanna modernizacja prowadziła od kancelarii jako luźnego środowiska urzędników nadwornych, których król dowolnie wykorzystywał do przygotowywania dokumentów i listów, do sformalizowanej instytucji z jednoznacznie określoną strukturą, stanowiskami pracy, podziałem zadań pomiędzy pracowników. Coraz bardziej przypominała urzędy takie, jakie znamy z naszej współczesności. Nigdy jednak do końca takim urzędem się nie stała. Długo jeszcze po wymarciu Wazów nie doczekała się regulaminu organizacyjnego całościowo opisującego jej strukturę i zadania. Zawsze też mogło się zdarzyć, że konkretne czynności aktotwórcze władca powierzał ekspertowi spoza kancelarii, choć sytuacje takie, normalne w wiekach średnich, w czasach nowożytnych zanikały.
Struktura polskiej kancelarii królewskiej była zrozumiała i oczywista dla ówczesnych Polaków, ale dziś dla nas chwilami niezrozumiała i zadziwiająca. Choć powszechnie uważana przez społeczeństwo za jedność, w rzeczywistości nie miała jednego kierownika. Było ich dwóch – kanclerz i podkanclerzy, przy czym podkanclerzy nie podlegał kanclerzowi, a tylko miał niższe miejsce w hierarchii senatorskiej i dysponował mniejszą, mniej uroczystą pieczęcią. Pomiędzy kanclerzem i podkanclerzym nie było rozdziału kompetencji. Było to wygodne dla tronu, który mógł wybierać pomiędzy kanclerzem i podkanclerzym przy załatwianiu danej sprawy. Nie była też groźna dla sprawności państwa sytuacja, gdy jeden z tzw. pieczętarzy oddalał się od dworu, czy to dla sprawowania innych zadań (bywali oni bowiem jednocześnie biskupami lub ministrami świeckimi – marszałkami albo hetmanami), czy to ze względu na przejście któregoś z pieczętarzy do cichej opozycji wobec polityki króla.
Kanclerz dysponował zatem tzw. kancelarią większą, podkanclerzy kancelarią mniejszą, podobnie jak pierwszy używał pieczęci większej, a drugi mniejszej. W codziennej pracy kancelariami kierowali regenci, a pracowali w niej sekretarze i pisarze. Każda z dwóch kancelarii nie tylko niezależnie od siebie wystawiała przywileje, mandaty (tak zwano akty administracyjne) i prowadziła monarszą korespondencję. Obie też prowadziły niezależne od siebie archiwa ksiąg urzędowych, zwanych Metryką Koronną, w których rejestrowane były dokumenty wychodzące z kancelarii. Znajomość tej prawidłowości jest ważna dla poszukiwań archiwalnych i zrozumienia procesów politycznych i gospodarczych zachodzących tak w stosunkach wewnętrznych, jak i zewnętrznych. Również spraw pomorskich szukać trzeba równolegle w spuściznach kancelaryjnych obu urzędów.
Brak formalnego podziału kompetencji pomiędzy kancelariami większą i mniejszą nie przeszkadzał temu, że w danym momencie, przy aktualnym układzie sił i stosunków pomiędzy kanclerzem i podkanclerzym, dokonywał się nieformalnie podział kompetencji i dana grupa spraw, np. pomorskich, znajdowała się w chwilowej dyspozycji jednej z kancelarii. Zależało to od przygotowania, zainteresowań i zdolności poszczególnych osób pieczętarzy i zespołów ludzkich, które każdy urzędnik od nowa organizował przy obejmowaniu urzędu. Spraw pomorskich pilnowali najczęściej sekretarze i pisarze wywodzący się z Wielkopolski i Prus Królewskich, dwóch dzielnic sąsiadujących z księstwami pomorskimi i rozumiejących wagę problematyki pomorskiej i bałtyckiej. Nie bez znaczenia było i to, że osoby te częściej niż pochodzący z innych dzielnic Królestwa Polskiego znały język niemiecki. Bo choć strona polska pilnie strzegła zasady, że językiem stosunków międzynarodowych powinna był łacina, to w bieżących kontaktach roboczych niemczyzna miała szerokie zastosowanie w stosunkach z księstwami Rzeszy, do których zaliczało się też Pomorze.
Zakres spraw, którymi zajmowała się polska kancelaria królewska ująć można w następujące grupy: 1) polityka zagraniczna, 2) polityka wewnętrzna, w tym również obsługa sejmów, 3) sądownictwo królewskie, 4) sprawy skarbowe i gospodarcze, 5) sprawy wojskowe. Dla obsługi sądownictwa powołane były w każdej z dwóch kancelarii, większej i mniejszej, wydziały nazywane kancelariami dekretowymi (dekret to w ówczesnej terminologii wyrok sądowy), prowadzące osobną serię ksiąg dekretowych Metryki Koronnej. Sądy królewskie miały charakter apelacyjny, mogły więc do nich trafiać sprawy sporne poddanych z ziem lęborskiej i bytowskiej, lenna polskiego oddanego do wiernych rąk książąt pomorskich. Sprawy skarbowe i gospodarcze przechodziły stopniowo w gestię kształtujących się w XVI wieku kancelarii podskarbich koronnych, wielkiego i nadwornego, aczkolwiek polska kancelaria królewska nie pozbyła się nigdy pewnych kompetencji skarbowych i gospodarczych. Czuwała nad wystawianiem nadań dóbr królewskich, które skrzętnie rejestrowała w głównej serii Metryki, tak zwanych księgach wpisów, a także gromadziła jeden egzemplarz każdego protokołu lustracji dóbr królewskich. Po wcieleniu lenna lęborsko-bytowskiego do Królestwa Polskiego po wymarciu Gryfitów linii męskiej w roku 1637, znalazły się wśród nich inwentarze tych dóbr i ich dochodów. Sprawy wojskowe obsługiwane były przez kancelarię królewską o tyle, że obsługiwała ona akcję zwoływania pospolitego ruszenia, a także wystawiała tzw. listy przypowiednie, na podstawie których rotmistrze zaciągali swoje roty zawodowej armii. Generalnie obsługa spraw wojskowych należała do kancelarii hetmańskich, a przekazywanie środków na funkcjonowanie wojska należało do wyspecjalizowanego pisarza królewskiego zwanego pisarzem polnym, dysponującym własną kancelarią. Osobne wydziały kancelarii mniejszej i większej powołane były do obsługi spraw województw ruskich oderwanych w roku 1569 od Wielkiego Księstwa Litewskiego i wcielonych do Korony Polskiej – wołyńskiego, kijowskiego i bracławskiego. Były to tak zwane kancelarie ruskie prowadzące specjalną serię ksiąg Metryki Koronnej zwaną Metryką Ruską lub Wołyńską. Mimo wcielenia do Korony województwa te posługiwały się prawem litewskich, konkretnie II Statutem Litewskim w 1566 roku, wymagały zatem odmiennych kompetencji, niż sprawy pozostałych województw. Pozostałe sprawy wewnętrzne i wszystkie zagraniczne prowadziły kancelarie większa i mniejsza niewyspecjalizowane, niewydzielone w postaci kancelarii dekretowych czy ruskich. W czasie, który nas interesuje, do wymarcia Gryfitów prowadziły dwie serie ksiąg Metryki Koronnej – niewyspecjalizowaną, najstarszą serię ksiąg wpisów, do których trafić mogły dokumenty wszelkiego rodzaju, również dekrety sądowe czy dokumenty dla województw ruskich. Dla spraw polityki międzynarodowej przeznaczona była seria ksiąg poselskich Metryki Koronnej. Stosunki polsko-pomorskie znajdują odbicie najpełniejsze właśnie w księgach poselskich. Mimo to sporo dokumentów pomorskich trafiało również do ksiąg wpisów Metryki Koronnej. Dotyczyło to zwłaszcza nadań dla ziemi lęborsko-bytowskiej, w tym nadań lenna książętom pomorskim. Świadczyć to może o tym, że sprawy te traktowano nie jako należące do obszaru polityki zagranicznej, a wewnętrznej Królestwa Polskiego.
Polska kancelaria królewska nie była li tylko miejscem technicznego sporządzania dokumentacji, bardzo zresztą różnorodnej, obejmującej sporządzane na pergaminie przywileje wieczyste o rozbudowanym formularzu i często barwnych iluminacjach, wygotowywane na papierze przywileje czasowe o formularzu skromniejszym i mniej ozdobnych, mandaty zawierające królewskie polecenia administracyjne wydawane podległym urzędnikom, listy o charakterze informacyjnym, instrukcje dla posłów jadących w misje zagraniczne lub krajowe, księgi rejestrujące wszystkie te wymienione wyżej rodzaje dokumentów. W kancelarii koronnej rodziły się też i dojrzewały, wreszcie były wyrażane w dokumentach wystawianych i rozpowszechnianych w kraju i za granicą, koncepcje polityczne o znaczeniu kluczowym dla polityki państwa. Intytulacje dokumentów królewskich, zwłaszcza te pełne widniejące w przywilejach wieczystych pouczały poddanych i postronnych o zakresie terytorialnym i charakterze władzy królewskiej. Gdy zawarta w roku 1501 unia mielnicka czyniąca w zamierzeniu związek państwowy Polski i Litwy tak ścisłym, jak znamy to z jej formalnego powtórzenia w unii lubelskiej 1569 roku, nie została mimo wszystko ratyfikowana i została odrzucona na kilka dziesięcioleci, kancelaria królewska uparcie trzymała się wprowadzonej wówczas tytulatury oddającej jedność obu państw. Gdy na tron po wymarciu Wazów, będących po kądzieli Jagiellonami, wstąpił król Michał z rodu Wiśniowieckich, kancelaria wypracowała koncepcję jego praw do tronu jako potomka Gedymina (podobnie do Jagiellonów, którzy też byli Gedyminowicami). Działania takie widzimy również w odniesieniu do stosunków polsko-pomorskich. Kanclerze Krzesław Kurozwęcki i jego uczeń polityczny, również kanclerz, a potem prymas Polski, Jan Łaski, budowali obszerne wywody historyczne uzasadniające projektowane złożenie Polsce hołdu lennego z całego Pomorza przez księcia Bogusława X. Po wymarciu Gryfitów, w warunkach wciąż toczącej się wojny trzydziestoletniej i nieprzesądzonego losu osieroconych ziem Księstwa Pomorskiego, wykluła się koncepcja włączenia do Polski Pomorza Środkowego ze Słupskiem, Sławnem i Darłowem, jako odwiecznych ziem polskich, oderwanych od Królestwa Polskiego, na co kancelaria zgromadziła odpowiednie dowody historyczne. Koncepcja ta co prawda nigdy nie przyoblekła się w dojrzały kształt, pozostałe w sferze koncepcji, dobrze jednak oddaje atmosfery dyskusji i fermentu intelektualnego, jakim zawsze charakteryzowała się kancelaria koronna. Nic dziwnego, że zwano ją Seminarium Rzeczypospolitej – kuźnią idei politycznych i szkołą mężów stanu, którzy wyszedłszy z kancelarii obejmowali funkcje biskupie i stanowiska ministerialne.